La découverte de nouveaux foyers dans le Sud-Mâconnais et dans le Chalonnais laisse craindre que l'ensemble du département de Saône-et-Loire (Bourgogne) soit concerné par la flavescence dorée. La préfecture a indiqué le 17 octobre 2012:
Un nouvel arrêté préfectoral placera l'ensemble des vignobles de Saône-et-Loire (Couchois, Côte chalonnaise, Mâconnais et Beaujolais) en lutte obligatoire en 2013.
Les prospections débutées fin août montrent en effet une forte progression de la maladie : les données disponibles au 9 octobre révèlent qu'à l'intérieur du périmètre de lutte du Nord-Mâconnais défini en 2011 suite à la découverte de contaminations sur Plottes, Chardonnay et Ozenay, huit nouvelles communes sont d'ores et déjà contaminées. Au-delà du strict périmètre de 2011, cette prospection a également révélé la présence de la flavescence dorée sur cinq autres communes dans le Sud-Mâconnais à Saint- Gengoux-de-Scissé, Verzé, Davayé, Saint-Albain, et Prissé (données à confirmer pour ces deux dernières). Dans le Châlonnais, deux échantillons positifs ont été découverts, l'un à Montagny-les-Buxy, l'autre à Saint-Denis-de-Vaux à l'extérieur du périmètre de lutte.
Ce constat a conduit à poursuivre la prospection hors des deux périmètres de lutte définis en 2011, tant que l'état du feuillage le permet. En 2012, 19 communes du Nord-Mâconnais étaient incluses dans le périmètre de lutte obligatoire (1 500 ha de vigne) et quatre communes (400 ha) dans le Sud-Chalonnais.
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