La « voie B », qui reposait sur la part d’infrastructures agroécologiques sur la SAU (supérieure à 10 %) et le poids des intrants sur le chiffre d’affaires (moins de 30 %), est ainsi supprimée. Elle était particulièrement contestée par les associations de défense de l'environnement et de l'agriculture biologique.
Pour la voie A, des points sont accessibles différemment et certaines exigences ont été revues à la hausse sur les indicateurs de :
- protection de la biodiversité : avoir au minimum 4 % de la SAU en IAE – infrastructures agroécologiques ; points obtenus selon la taille des parcelles : 40 à 80% de son domaine en parcelles de moins de 6ha donnent 1 point, plus de 80% donnent 5 points ; 1 point également obtenu pour la réalisation de test bêche pour suivre la qualité biologique du sol;
- de limitation de l’usage de produits phytosanitaires : avec l'interdiction des produits CMR1 sauf dérogation exceptionnelle des ministères de l’Agriculture et de l’environnement, et les produits CMR2 non recommandés;
- et de gestion raisonnée de la fertilisation : notamment un point par tranche de 10% d’azote organique sur l’azote totale apporté sur la SAU.
Afin de permettre aux exploitants d’adapter leurs pratiques aux exigences du nouveau référentiel, des mesures transitoires sont prévues pour les exploitations déjà certifiées, leur laissant jusqu’au 31 décembre 2024, pour renouveler leur certification selon le nouveau référentiel, indique le ministère.